O ministro também apontou um possível conflito da decisão com precedente vinculante do STF sobre neutralidade do Estado e equilíbrio da disputa político-eleitoral.

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Mesmo com pedido de vista, a liminar que afasta os diretores está em vigor e o colegiado já formou maioria para mantê-la, com os votos antecipados de Luiz Fux e Nunes Marques, que acompanharam a decisão de André Mendonça, relator da ação apresentada pelo Partido Novo.

Ao citar o fato de o afastamento ter sido determinado a partir de uma solicitação formulada por partido político, o ministro argumenta que a decisão pode estar contrariando dispositivos do Código de Processo Penal e do Regimento Interno do STF relacionados ao sistema acusatório.

No despacho, Gilmar Mendes faz menção à ADPF 1.017, de 2022, que tratou do afastamento do então governador de Alagoas Paulo Dantas, por decisão do Superior Tribunal de Justiça (STJ), em outubro de 2022, entre o primeiro e o segundo turno das eleições, quando Dantas disputava a reeleição. O STF suspendeu o afastamento, argumentando, na época, que o Judiciário deveria evitar decisões que interferissem na disputa eleitoral.

Outro ponto suscitado no despacho de Gilmar Mendes é sobre a competência da Segunda Turma para julgar o afastamento dos diretores da PF. O ministro destacou que a própria decisão de Mendonça registra elementos segundo os quais o relatório de inteligência que motivou os afastamentos de Andrei Rodrigues e de Leandro Almada teria sido produzido pelo diretor-geral da PF por provocação de um integrante da Primeira Turma do Supremo, em referência ao ministro Alexandre de Moraes.

Na avaliação de Gilmar, partindo dessa premissa, a análise dos atos atribuídos a um integrante da Corte caberia ao Plenário, e não à Segunda Turma.

Gilmar Mendes também criticou a falta de tempo para analisar a liminar. 

"O feito foi incluído em pauta no próprio dia do julgamento, menos de uma hora antes do início da sessão virtual designada para essa finalidade. Essa circunstância impediu o exame da integralidade dos autos e da decisão submetida a referendo, o que é grave em se tratando de uma medida cautelar que afasta das suas funções o dirigente máximo da Polícia Federal", apontou.

A Advocacia-Geral da União (AGU) pediu ao ministro Edson Fachin, presidente do STF, a suspensão imediata da decisão de afastar Andrei Rodrigues da direção-geral PF.